Aide à la compréhension des données publiques liées à l’épidémie du Covid 19 fin septembre 2020

Publié par Didier Montet, le 2 octobre 2020   1.4k

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Introduction

Les données publiques concernant l’épidémie liée au virus Covid 19 sont nombreuses mais difficile à appréhender pour la population car elles sont soit compliquées à comprendre (tests PCR, tests immunologiques, taux d’incidence), disparates ou incomplètes pour les spécialistes de l’analyse que je suis. Il manque par exemple systématiquement les types d’appareils, les modes opératoires utilisés et les écarts types qui sont pourtant obligatoires pour toutes les publications scientifiques concernant des analyses.

Ce court article va dans un premier temps donner des définitions importantes puis les valeurs publiques obtenus le 28 septembre 2020 et certaines interprétations des tests PCR.

Il faut concevoir que ces informations ne sont valables que pour la période où elles sont publiées et n’engage pas l’auteur sur le futur. Les scientifiques ne sont pas des devins mais ont des connaissances qui peuvent souvent par regroupement ou comparaison avec d’autres épidémies prévoir certains événements. Les références ne sont que des références internet qui s’actualisent en continu donc à utiliser avec précaution.

 

Méthodes

L’auteur a utilisé que des sites internet publics français. Les références sont systématiquement données. Les chiffres vont évoluer avec la crise sanitaire et ne sont donc valables que le jour de l’écriture de l’article. Les principes de calculs restent par contre permanents. Les calculs proposés sont simples, ce sont que des calculs pourcentage, division et multiplication afin qu’ils soient compréhensibles par le plus grand nombre.

 

Définitions et quantités

Le taux d'incidence est le nombre de tests positifs PCR pour 100 000 habitants. Ce n’est pas du tout un nombre de malades. Le seuil d'alerte national est fixé à une incidence de 50, il y a dans ce cas 50 cas positifs pour 100 000 habitants, soit 0,05% de la population. Ce chiffre augmente bien évidemment avec le nombre de tests réalisés.

Le chiffre donné par l’ARS est le taux de positivité soit le nombre de test positifs sur la totalité des tests effectués. Des données complètes peuvent être trouvées sur https://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2020/06/19/coronavirus-combien-de-tests-pcr-pratiques-et-de-personnes-infectees-dans-votre-departement_6043484_4355770.html

La population française en 2020 est de 66 524 000 habitants répartis sur 35416 communes (www.vie-publique.fr),

Le nombre de morts total (toutes morts confondues) en France par année est d’environ 600 000 par an (612000 en 2019) soit 9,1 pour 1000 habitants (https://www.insee.fr/fr/statistiques/2383440).

Un tiers des décès sont causés par des cancers et un quart par des maladies cardio-vasculaires (https://www.santepubliquefrance.fr/revues/beh/bulletin-epidemiologique-hebdomadaire).

Les accidents de la vie courante (hors route) conduisent à 21 000 décès/an et plusieurs millions de recours aux urgences (https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/traumatismes).

 

Le nombre de morts total par Covid 19 en France au 24 septembre est de 31 459 dont 671 décès ces 14 derniers jours. Etas unis 201 822 morts, Europe : 221 430 morts, Monde entier : 976 258 morts (https://www.coronavirus-statistiques.com/stats-continent/coronavirus-nombre-de-cas-europe/)

Le Pérou est le pays où il y a eu le plus de morts par coronavirus par habitant suivi de la Belgique (https://www.cnews.fr/monde/2020-05-24/graphique-quels-pays-comptent-le-plus-de-morts-du-coronavirus-par-rapport-leur)

 

En France, la DREES recense plus de 3.000 établissements de santé, dont plus de 1.300 établissements publics (Hôpitaux et cliniques). En 2020, la France dis­po­se de 5000 lits de réa­ni­ma­tion (25.000 en Allemagne, pour com­pa­rai­son) plus 7200 lits de soins inten­sifs (mais sans appa­reil de ven­ti­la­tion arti­fi­cielle) (https://www.syndicat-infirmier.com/Combien-y-a-t-il-d-hopitaux-en.html). Cela peut bien sur évoluer assez vite avec une volonté politique.

 

 

Interprétations

  • Le taux d'incidence augmente avec le nombre de tests réalisés.

Le taux d'incidence est le nombre de tests positifs PCR pour 100 000 habitants. Le seuil d'alerte national pour le passage en zone rouge est fixé à une incidence de 50, il y a dans ce cas 50 cas positifs pour 100 000 habitants. En considérant que 90% de la population ne présentera pas de symptôme, le taux d’incidence des symptômes sera de 0,0055% soit 1 patient symptomatique pour 2000 habitants. Parmi ces patients, une infime partie ira à l’hôpital (574 patients /jour en moyenne sur 7 jours) et 786 en réanimation et très peu mourront (27 morts le 27 septembre en France), ce qui fait 27/66 524 000 = 0,0000004 morts par habitant et par jour ou encore 27/35416= 0,0008 morts par commune et par jour. L’incidence de mortalité en France sans le coronavirus est de 0,9 pour 1000 soit presque 1% de la population. Avec le coronavirus, c’est quasiment la même. Si on calcule le nombre de morts totaux/ commune en France, on obtient : 31459 morts totaux/35416 communes = 0,88 morts par commune par le coronavirus sur la totalité de la crise.

 

L’incidence augmente bien évidemment avec le nombre de tests réalisés. En effet, si votre département  se trouve à 2% de tests positifs et si les tests ont été pratiqués sur 2 000 habitants, on obtient une incidence de 40 soit inférieure à la limite de passage en zone rouge.

Si on passe à 10 000 tests pour 10 000 habitants et que 2 % sont positifs, on obtient une incidence de 200 soit 4 fois la limite de passage en zone rouge. Ce calcul serait bien évidemment à discuter au sein des pouvoirs publics.

Voilà comme Marseille se trouve en zone écarlate !  Heureusement, les pouvoirs publics tiennent également compte des personnes hospitalisées et aux urgences pour prendre les décisions.

 

Si on prend le cas emblématique des bouches du Rhône, on recence au 27 septembre 647 décès depuis le début de la crise et actuellement 3 morts/jour pour 2 millions d’habitants (https://www.coronavirus-statistiques.com/stats-departement/coronavirus-nombre-de-cas-bouches-du-rhone/). En 2018, le nombre de décès total dans le département était de 18 166 personnes. Le taux de mortalité total était en 2019 de 9 pour 1000 (Source INSEE) comme dans toute la France. Le pourcentage de mortalité supplémentaire due au virus dans les Bouches du Rhône est de 647/18166 = 3,5 %.). L’impact du virus est donc faible statistiquement.

D’après le journal La Provence du 29 septembre, 177 patients sont hospitalisés pour le coronavirus dans les hôpitaux marseillais dont 44 en réanimation pour une population totale de 863 310 habitants à Marseille. Il est difficile de trouver la capacité totale des urgences à Marseille mais un rapport de 2006 fait état de 177 560 consultations totales sur l’année. Il y aurait 90 lits disponibles pour le coronavirus d’après le journal La Provence. La courbe du nombre de personnes hospitalisées est passée 20 à 177 en 40 jours et les personnes en réanimation de presque zéro à 44 en 40 jours. Le virus est donc présent. Les personnes restent en réanimation quelquefois plusieurs semaines et peuvent engorger les services de réanimation.

  • Analyses PCR

La PCR quantitative (qPCR) ou PCR en temps réel est une technique moléculaire permettant la détection et la quantification de l’ADN. C’est une méthode rapide, sensible et spécifique pour la mise en évidence d’agent pathogène émergents. Les limites de détection sont de l’ordre du picogrammes pour de l’ADN d’agents pathogènes dans un échantillon. Cette technologie est basée sur l’utilisation d’un agent fluorescent dont le signal d’émission est directement proportionnel à la quantité d’ADN générée à chaque cycle de PCR.

Les analyses PCR réalisées en laboratoire privé coutent environ 73 euros en France alors qu’elles ne coutent que 39 euros en Allemagne. La France réalise un peu plus de 1 millions de tests par semaine soit 73 millions d’euros pris en charge par la sécurité sociale.

Le nombre de cycles PCR est élevé dans les laboratoires français dépassant souvent 35 alors que dans les pays voisins, ils sont inférieurs à 35. Un rapport récent demandé par un directeur important fait état d’un optimum à 33 cycles. A ce nombre de cycles important dépassant 35 et même 40, on peut considérer que la sensibilité est très bonne mais par contre, il y a un nombre très important de faux positifs. Ceci est dû à l’analyse de fiable quantité d’ADN qui ne sont pas forcément issus du coronavirus recherché. N’est-ce pas l‘effet recherché, augmenter les cas positifs pour augmenter la politique de la peur ?

 

 Masques

Si on considère que les français consomment 1 à 2 masques par jour et par personne, Nous arrivons à moins de 65 millions de masques consommés soit une somme à peu près équivalente en Euros. Avec une TVA à 5,5%, cela fait 3,25 millions d’euros/jour qui reviennent à l’état. Je fais abstraction des couts de dépollution qui vont être colossaux.

Un coronavirus mesure entre 60 et 220 nm (nanomètre). La porosité d’un masque basique commercialisé en France actuellement est de 0,6 µm (micromètres soit 600 nm) (un masque FFP2 filtre 94% de ces particules, un masque FFP1 80%). Le virus passe donc facilement à travers les masques. Les masques protègent donc par la fixation des gouttelettes d’eau contenant le virus. Pourquoi fait-on utiliser des masques en milieu très aéré ou chez les enfants qui sont non transmissibles? N’est-ce pas l‘effet recherché pour la gestion de la peur ?

 

Conclusions 

 

Tous ces chiffres d’incidence sont évidemment très faibles et le point noir reste évidemment les hospitalisations en urgence et surtout les services de réanimation. Ces services payent sans nul doute le manque de moyen habituel des hôpitaux publics. Il faudra suivre de près le nombre d’hospitalisés totaux qui est de 6253 hospitalisés (1118 en réanimation) au 27 septembre pour 5000 lits d’urgence (https://www.gouvernement.fr/info-coronavirus/carte-et-donnees). Nous sommes encore assez loin de la saturation des services d’urgence, mais la situation pourrait ne pas s’améliorer.

On pourrait imaginer que la création de deux ou trois lits d’urgence supplémentaires par institution hospitalière pourrait éviter cette crise qui met en danger l’économie de notre pays. Il faut tout de même savoir qu’un lit de réanimation nécessite le travail d’environ 6 personnes donc il y a un coût. Ce coût devrait être mis en face des énormes dépenses de sécurité sociale liées au dépistage par le test PCR mais peut-être n’est-ce pas la même ligne budgétaire ?

Restons vigilant toutefois car ce virus est présent même si les signes récents sont encourageants et faisons attention à la communication gouvernementale qui n’est pas très claire sur ses objectifs.