SeqOne : booster la capacité de test du Covid-19

Publié par Université de Montpellier UM, le 14 mai 2020   170

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Nicolas Philippe (CEO) – Jean-Marc Holder (CCO) – Guillaume Buwalda (CTO)

C’est une petite start-up pour un maximum de résultats. Nicolas Philippe, fondateur de la plateforme montpelliéraine SeqOne spécialisée dans l’analyse génomique, propose d’adapter la puissance des séquenceurs dernière génération au dépistage du Covid-19. Une technologie qui pourrait permettre, d’ici quelques semaines, de multiplier par cent la capacité de test en France.

Des analyses génomiques au dépistage du Covid-19, il n’y avait qu’un pas que la société montpelliéraine SeqOne n’a pas hésité à franchir à l’appel du Ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation. Spécialisée dans l’analyse du génome à visée médicale, la plateforme SeqOne bénéficie déjà d’une expertise reconnue dans les domaines de l’oncologie, des maladies rares, du dépistage périnatal non invasif ou encore de la recherche de prédispositions génétiques grâce au séquençage ADN de nouvelle génération (NGS). Une technologie qui pourrait également répondre aux besoins massifs de dépistage du Covid-19.

Plus de 20 000 patients par jour

« Tout est parti d’une publication sortie aux Etats-Unis le 20 mars dernier, explique Nicolas Philippe, chercheur en bio-informatique et fondateur de l’entreprise. Elle montrait qu’il était possible de mutliplexer, autrement dit d’analyser l’ADN de plusieurs personnes en une seule manip de séquençage. » À la clé, la possibilité de dépister plus de 20 000 patients en une seule journée en observant chez chacun le pourcentage de charge virale ou les éventuelles mutations du virus. Un atout stratégique pour détecter au plus tôt un éventuel rebond de l’épidémie.

« Depuis le départ, l’ADN de SeqOne c’est d’être au service des patients. Nous travaillons déjà avec la moitié des CHU de France et avec l’ensemble des laboratoires d’analyses privés » explique Nicolas Philippe qui, pour engager SEqOne dans la lutte contre le covid-19, a dû valider plusieurs étapes : mettre en place une plateforme certifiée, travailler en amont avec les laboratoires autorisés à dépister le Covid-19 et bien sûr trouver les partenaires pour développer le protocole sur le plan biologique. « Cette dernière étape est en cours de finalisation, nous sommes en discussion avec différents laboratoires, notamment l’Institut de génétique humaine à Montpellier. Dans le meilleur des cas nous pourrons commencer mi-juin » , précise le dirigeant.

L’informatique au service de la médecine

C’est au détour de ses études universitaires que Nicolas Philippe, d’abord ingénieur en informatique spécialiste de « l’algorithme combinatoire du texte » se découvre un véritable intérêt pour le soin médical. Se décrivant comme « un pur produit de la recherche académique », ce normand d’origine débarque à Montpellier en 2007 pour réaliser une thèse au Laboratoire d’informatique, de robotique et de microélectronique (Lirmm, Université de Montpellier, CNRS). « Au cours de cette thèse j‘ai pu travailler en collaboration étroite avec le CHU de Montpellier, le CNRS et l’Inserm et mettre mes compétences au service de la médecine. »

À l’époque, de nouvelles techniques de séquençage ADN font leur entrée sur la scène scientifique et permettent de réduire drastiquement les coûts et la durée de décodage du matériel génomique tout en augmentant la quantité de données recueillies, comme le rappelle le chercheur : « Le début du séquençage génomique remonte au tout début des années 2000 mais il coûtait plusieurs millions d’euros et prenait des semaines. » Une révolution technique qui ouvrira ainsi la voie au développement de la médecine génomique et à l’optimisation des soins de santé.

Un travail récompensé

Pendant sept ans, Nicolas Philippe enchaîne thèse et post-doctorat à l’étranger sans jamais perdre de vue le séquençage à haut débit et en raflant au passage quelques récompenses comme le prix Hélène Starck ou le prix du Pôle BioSanté Rabelais. De retour en France il poursuit son travail avec l’Inserm avant que ne germe, en 2014, l’idée de monter sa propre société. Officiellement lancée en 2017, avec le soutien de la SATT AxLR, le CHU de Montpellier, le BIC, BPI LRI, la Région Occitanie et l’Université de Montpellier, SeqOne emploie aujourd’hui presque une trentaine de collaborateurs. « Notre équipe est très dynamique et nos profils très complémentaires. Nous ne parlons qu’un seul langage, celui de la génomique. »